Los desarrollos relacionados con la computación de alto rendimiento de las últimas décadas permiten resolver problemas científicos actuales, utilizando métodos computacionales sofisticados. Sin embargo, es necesario asegurarse de la eficiencia de los métodos computacionales modernos, con el fin de explotar al máximo las capacidades tecnológicas. En esta tesis proponemos diferentes métodos, relacionados con la cuantificación de incertidumbres y el cálculo de alto rendimiento, con el fin de minimizar el tiempo de computación necesario para resolver las simulaciones y garantizar una alta fiabilidad. En concreto, resolvemos sistemas de dinámica de fluidos caracterizados por incertidumbres. En el campo de la dinámica de fluidos computacional existen diferentes tipos de incertidumbres. Nosotros consideramos, por ejemplo, la forma y la evolución en el tiempo de las condiciones de frontera, así como la aleatoriedad de las fuerzas externas que actúan sobre el sistema. Desde un punto de vista práctico, es necesario estimar valores estadísticos del flujo del fluido, cumpliendo los criterios de convergencia para garantizar la fiabilidad del método. Para cuantificar el efecto de las incertidumbres utilizamos métodos de Monte Carlo jerárquicos, también llamados hierarchical Monte Carlo methods. Estas estrategias tienen tres niveles de paralelización: entre los niveles de la jerarquía, entre los eventos de cada nivel y durante la resolución del evento. Proponemos agregar un nuevo nivel de paralelización, entre "batches", en el cual cada "batch" es independiente de los demás y tiene su propia jerarquía, compuesta por niveles y eventos distribuidos en diferentes niveles. Definimos estos nuevos algoritmos como métodos de Monte Carlo asíncronos y jerárquicos, cuyos nombres equivalentes en inglés son "asynchronous hierarchical Monte Carlo methods". También nos enfocamos en reducir el tiempo de computación necesario para calcular estimadores estadísticos de flujos de fluidos caóticos e incompresibles. Nuestro método consiste en reemplazar una única simulación de dinámica de fluidos, caracterizada por una ventana de tiempo prolongada, por el promedio de un conjunto de simulaciones independientes, caracterizadas por diferentes condiciones iniciales y una ventana de tiempo menor. Este conjunto de simulaciones se puede ejecutar en paralelo en superordenadores, reduciendo el tiempo de computación. El método de promedio de conjuntos se conoce como "ensemble averaging". Analizando las diferentes contribuciones del error del estimador estadístico, identificamos dos términos: el error debido a las condiciones iniciales y el error estadístico. En esta tesis proponemos un método que minimiza el error debido a las condiciones iniciales, y en paralelo sugerimos varias estrategias para reducir el coste computacional de la simulación. Finalmente, proponemos una integración del método de Monte Carlo y del método de "ensemble averaging", cuyo objetivo es reducir el tiempo de computación requerido para calcular estimadores estadísticos de problemas de dinámica de fluidos dependientes del tiempo, caóticos y estocásticos. Reemplazamos cada realización de Monte Carlo por un conjunto de realizaciones independientes, cada una caracterizada por el mismo evento aleatorio y diferentes condiciones iniciales. Consideramos y resolvemos diferentes sistemas físicos, todos relevantes en el campo de la dinámica de fluidos computacional, como problemas de flujo del viento alrededor de rascacielos o problemas de flujo potencial. Demostramos la precisión, eficiencia y efectividad de nuestras propuestas resolviendo estos ejemplos numéricos.